Wird die Eizelle des letzten Zyklus nicht befruchtet, sinkt die Konzentration der Hormone Östrogen und Progesteron. Der Abfall des Hormonspiegels führt zur Ablösung der Gebärmutterschleimhaut und zur Blutung, der Menstruation. Mit dem Einsetzen der Menstruation beginnt ein neuer monatlicher Zyklus.Typischerweise dauert die Menstruationsphase etwa 5 Tage und ist Teil der Follikelphase.

Das Follikel-Stimulierende-Hormon (FSH) regt die Eizellreifung im Eierstock an, während Östrogen den Aufbau der Gebärmutterschleimhaut für eine mögliche Einnistung der befruchteten Eizelle fördert. Ein starker Anstieg des Luteinisierenden Hormons (LH) zum Ende der Follikelphase löst den Eisprung aus, bei dem die Eizelle aus dem gesprungenen Follikel freigesetzt und über den Eileiter in die Gebärmutter transportiert wird. Die fruchtbaren Tage sind etwa 3-5 Tage vor und bis zu 24 Stunden nach dem Eisprung.

In der Lutealphase nach dem Eisprung sinken FSH und LH, und die Östrogenproduktion geht zurück. Der Follikel wird zum Gelbkörper, der Progesteron zur Vorbereitung der Gebärmutterschleimhaut auf eine Schwangerschaft produziert. Tritt keine Schwangerschaft ein, baut sich der Gelbkörper ab, was PMS-Symptome wie Heißhunger und Stimmungsschwankungen auslösen kann.